マチュピチュを訪れた冬樹とケロロ小隊だったが、入り組んだ迷路のような遺跡にはトラップが満載!?なんとか脱出を果たした彼らは、東京へ戻ることに成功する。しかし遺跡を訪れたことがきっかけで、最強の敵・ダークケロロが現われる…。
