人類とバグとの戦いが続く未来。強襲揚陸艦アレジア号の兵士たちは、バグに襲撃された小惑星基地の救出に出動するが、逆に敵の大群に囲まれ混乱状態に陥ってしまう。そんな中、基地にいた大臣ジェンキンスが戦艦JAW（ジョン・A・ウォーデン）号を半ば強引に指揮下において脱出。本来のJAW号艦長カルメンは、リコ将軍の命を受けてアレジア号に合流、重要貨物を積んで姿を消したJAW号の捜索を開始する。
