ついに富良洲高校を卒業する日を迎えた一ノ瀬宝太郎や九堂りんねたち。学校生活や錬金アカデミーでの大切な思い出を胸に卒業式を終え、それぞれ新たな道へと進んでいくはずだった。しかしタイムループが発生して同じ時間が繰り返されるようになり、黒綱スパナだけがその状況に気づく。タイムループの原因を探るスパナと錬金アカデミーのメンバーたちは、やがて驚きの真相にたどり着く。
