警察庁が爆破された。実行犯は、万津莫＝仮面ライダーゼッツ。国家公安委員長・玖門宗馬は国民に対し、莫と彼が所属する諜報機関「CODE」を敵だと宣言する。しかし、小鷹賢政＝仮面ライダーノクスらはそのことを信じられず、事件の黒幕を追う。
