パパとママと暮らす7歳の少年ティムの家に、黒いスーツに黒いネクタイを締めた赤ちゃん「ボス・ベイビー」がやって来た。ティムの弟だというその赤ちゃんは、まるで大人のように話すことができ、口が悪くて人使いも荒い。実は彼には、ある秘密の任務があった。
