現代に生きる忍者集団風魔一族の戦士である小次郎は、戦士として戦いの日々を送っていた。学園の裏で暗躍する夜叉一族、孤高の戦士飛鳥武蔵、聖剣を独占し大地の支配を目論む華悪崇など、強大な敵たちが次々と小次郎の前に立ちはだかる。
