「新宿大災害」から5年後、レスキュー隊員･孤門一輝は非公然防衛組織TLTへの配属を突如命じられる。そこへ向かう途中で彼は謎の怪物ペドレオンに遭遇する。諦めかけた孤門を救ったのは、赤い光の中から降臨した銀色の巨人「ウルトラマン」だった。
