再起動され、自分を兵器として利用しようとする者たちから逃れたヴィジョンは、身を隠して暮らしていた。自らの存在意義を見いだそうと、プログラムに組み込まれたAI人格たちと対話を重ねる日々だが、AI人格の中には悪名高きウルトロンもいる。しかしそんな内省の日々はヴィジョンの首に懸賞金がかけられたことで終わりを告げ、ヴィジョンは自分の息子の生まれ変わりかもしれない謎の少年トーマス・シェパードとの逃亡生活を余儀なくされる。