渋谷の隕石落下災害から7年後。人間に擬態する地球外生命体「ワーム」の脅威が人類に迫る。秘密組織 ZECTはワームに対抗すべく、クロックアップ＝超高速戦闘を可能とする「マスクドライダーシステム」を開発。しかし、システムは組織の思惑とは関係なく、運命の男・天道総司を仮面ライダーに選ぶ。こうして天道は仮面ライダーカブトとして、自身の思うままに戦い始めるのだった。
