舞台は1937年、上海。8月13日、日本軍上海陸戦隊は突如謎の敵、エイリアンに襲撃される。辛くもこれを退けることには成功するも、敵のロボット兵士の残骸から、プログラムを自己増殖する機能を持ったユニット“モジュール”が発見され、列強各国はエイリアンのテクノロジーと第二次世界大戦前の技術・機械を併用した巨大ロボット兵器『機神』の開発に成功する。第二次世界大戦前夜、暗雲立ち込める世界に突如としてもたらされた未知のテクノロジーにより、今、誰も想像していなかった未踏の歴史が始まろうとしていた。