織田信長の天下統一が目前に迫った頃、琵琶湖の南に《金目教（きんめきょう）》という怪しい宗教がはびこっていた。それを信じない者は恐ろしいたたりに見舞われるという――。信長は《金目教》の実態を秘密裏に探るため《仮面の忍者》を頼ることに…。 忍びとして影に生きる青年（佐藤大樹）が、やがて《仮面の忍者 赤影》として立ち上がる物語が幕を開ける。
