宇宙暦3199年、我々の住む太陽系を含む天の川銀河（A(アー)銀河）は、資源やエネルギーなどを狙う4つの銀河からやって来た4つの敵艦隊[3]の攻撃により壊滅的な被害を受けていた。味方から「ボロブネ」などと嘲られながらもA銀河最後の艦として参戦した大YAMATO零号は未曾有の危機に立ち向かうこととなる。
