長い紛争と政治的混乱に苦しみ宇宙へ進出した人類。世界の破滅を目論むコヴナントを阻止できるのは、超兵器"スパルタン"のマスターチーフただひとり。しかしコヴナントの真の野望とマスターチーフの謎めいた過去が重なる時、彼は大きな決断を迫られる。
