宇宙の深淵より来訪したクトゥルフによる地球侵攻が始まった。人間に寄生するクトゥルフの尖兵に気づき、立ち向かえるのは謎の戦士イクサー１のみ。イクサー１は、巨大ロボ・イクサーロボとシンクロできる、パートナーとしての資質を持つ女子高生、加納渚を陰から見守っていたが、クトゥルフの侵略は彼女の家族にまで迫っていた……。
